Een recent metagenomisch onderzoek heeft een opmerkelijk divers spectrum aan virussen en bacteriën aan het licht gebracht die door knaagdieren in de provincie Heilongjiang worden gedragen, waaronder het Lassa-virus, het Amur-virus, Salmonella en Yersinia pestis.
Het onderzoek maakte gebruik van dePathogen RNA Enrichment Kit van Macro & Micro-TestGebaseerd op probe capture-technologie. Door selectief gastheer-rRNA en andere geconserveerde gastheerfragmenten te verwijderen, behield de methode effectief microbieel RNA, waardoor de detectiegevoeligheid van pathogenen aanzienlijk verbeterde. Deze stap van verrijking van pathogeen-RNA was cruciaal voor het bereiken van een hoge detectiesnelheid en bood sterke technische ondersteuning voor pathogeenbewaking.
Knaagdieren: belangrijke reservoirs van zoönotische ziekten
Knaagdieren vormen de meest soortenrijke en wijdverspreide groep zoogdieren, met meer dan 2000 soorten wereldwijd en goed voor meer dan 40% van alle zoogdiersoorten.
Naast hun ecologische belang fungeren knaagdieren als belangrijke reservoirs en dragers van talrijke zoönotische ziekteverwekkers.Omdat de leefgebieden van knaagdieren vaak overlappen met die van mensen – door directe beten, contact met uitwerpselen of indirecte overdracht via vlooien en mijten – vormen de ziekteverwekkers die ze met zich meedragen een aanhoudend gevaar voor de volksgezondheid.
Opvallend is dat meer dan 70% van de opkomende infectieziekten afkomstig is van wilde dieren, waarbij knaagdieren een van de belangrijkste virusreservoirs vormen.
Grensregio Heilongjiang: een frontlinie voor de bewaking van ziekteverwekkers
Heilongjiang, een grensprovincie in het noordoosten van China, beschikt over rijke ecologische hulpbronnen en grenst aan meerdere landen. De combinatie van een rijke biodiversiteit en frequente grensoverschrijdende bevolkingsbewegingen creëert gunstige omstandigheden voor de verspreiding van ziekteverwekkers.
Tussen juni en juli 2021 verzamelden onderzoekers 67 wilde knaagdieren in Hengdaohezi Town, Mudanjiang City. De onderzochte dieren omvatten:
l 20Apodemus peninsulae
l 47Myodes rufocanus
Alle exemplaren werden gevangen in woongebieden en omliggende landbouwgronden, wat de nauwe band tussen menselijke nederzettingen en leefgebieden van wilde dieren benadrukt.
Pathogenverrijkingstechnologie: het overwinnen van interferentie door de gastheerachtergrond.
Bij metagenomische sequentiebepaling domineert het RNA van de gastheer doorgaans de sequentielezingen, waardoor signalen van pathogenen die in lage concentraties voorkomen, worden gemaskeerd.
Om deze uitdaging aan te pakken, maakte de studie gebruik vanDe metagenomische detectiekit voor pathogenen van Macro & Micro-Test. Met behulp van probe capture-technologie binden speciaal ontworpen probes zich aan gastheer-rRNA en geconserveerde sequenties, waardoor deze worden verwijderd en microbieel RNA wordt verrijkt.
Deze aanpak verbeterde de gevoeligheid van de pathogenendetectie aanzienlijk, waardoor bij de daaropvolgende sequentiebepaling een groter deel van de pathogeen-reads kon worden teruggevonden. De verrijkingsstap legde een solide basis voor een nauwkeurige karakterisering van het pathogenenspectrum dat door knaagdieren wordt gedragen.
Na de verrijking werden de RNA-monsters onderworpen aan reverse transcriptie, bibliotheekconstructie en high-throughput sequencing. De bioinformatische analyse omvatte:
l Filteren van het gastheergenoom
Taxonomische classificatie met behulp van Kraken2
l Abundantiecorrectie met Bracken
Deze workflow genereerde een uitgebreid profiel van virale en bacteriële gemeenschappen.
Onderzoeksresultaten: Gelijktijdige circulatie van meerdere virussen en bacteriën
Virale bevindingen
De gedetecteerde virussen behoorden tot 21 virusfamilies, waaronderArenaviridaeEnHantaviridae.
Doorde novoMet behulp van Megahit werden 154 virale contigs gegenereerd, waarvan er 110 overeenkwamen met 19 virussen uit acht families.
In Apodemus peninsulaeDe volgende virussen werden geïdentificeerd:
l Arenavirussen: Lassa-virus, Wenzhou-virus, Gairo-virus
l Hantavirussen: Amur-virus, Puumala-virus
In Myodes rufocanusEr werden rattenarterivirus en Amur-virus gedetecteerd.
Onder deze ziekteverwekkers bevinden zich:
Het Lassa-virus is de veroorzaker van virale hemorragische koorts, met een sterftepercentage van ongeveer 20%.
Het Amur-virus is een van de ziekteverwekkers die verantwoordelijk zijn voor hemorragische koorts met renaal syndroom (HFRS). China rapporteert de hoogste wereldwijde prevalentie van hantavirusinfecties.
Bacteriële bevindingen
In totaal werden 1.051 bacteriële geslachten geannoteerd.
De meest voorkomende geslachten waren:
lSalmonella(26–31%)
lYersinia(11–23%)
SalmonellaHet is een belangrijke door voedsel overgedragen ziekteverwekker, verantwoordelijk voor naar schatting 9 miljoen gevallen van tyfus en ongeveer 110.000 sterfgevallen per jaar wereldwijd.
Yersinia pestisDe verwekker van de pest is verantwoordelijk geweest voor drie historische pandemieën. De provincie Heilongjiang wordt erkend als een van China's natuurlijke pesthaarden en blijft een prioriteitsregio voor pestbewaking.
Betekenis van de studie
Wetenschappelijke bijdragen
Deze studie is het eerste rapport over fragmenten van het Lassa-virus en het rattenarteritisvirus bij knaagdieren uit Heilongjiang, waarmee de database van door knaagdieren overgedragen ziekteverwekkers in China wordt uitgebreid.
Het brengt op systematische wijze de virale en bacteriële gemeenschappen in lokale knaagdierpopulaties in kaart en levert daarmee basisgegevens voor de surveillance van zoönotische ziekten in grensgebieden.
Implicaties voor de volksgezondheid
De bevindingen benadrukken de noodzaak van continue surveillance en screening op ziekteverwekkers.A. schiereilandEnM. rufocanus.
De gegevens leveren wetenschappelijk bewijs ter ondersteuning van bronbestrijdingsstrategieën voor ziekten zoals de pest en hemorragische koorts met renaal syndroom.
Methodologische sterke punten
Metagenomische sequentiebepaling maakt een onbevooroordeelde detectie van zowel bekende als nieuwe ziekteverwekkers mogelijk.
In deze studie toonde de technologie voor pathogeenverrijking van Macro & Micro-Test sterke prestaties aan, waardoor de detectie van doelpathogenen in complexe biologische monsters effectief werd verbeterd. De resultaten bevestigen de geschiktheid van de technologie voor zeer gevoelige identificatie van pathogenen bij wildmonitoring.
Productaanbeveling
Gezien de succesvolle toepassing in dit onderzoek, wordt de Macro & Micro-Test Pathogen RNA Enrichment Kit ten zeerste aanbevolen voor metagenomisch surveillanceonderzoek.
Door gastheer-nucleïnezuren efficiënt te verwijderen en microbiële sequenties te verrijken, verbetert de kit de detectiegevoeligheid en de datakwaliteit aanzienlijk. Het is een essentieel hulpmiddel voor nauwkeurige pathogenendetectie in complexe monsters en biedt robuuste technische ondersteuning voor volksgezondheidsbewaking, zoönotische risicobeoordeling en paraatheid bij uitbraken.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Geplaatst op: 02-03-2026