Een recent onderzoek gepubliceerd inMicrobioomEr werd een virale metagenomische analyse uitgevoerd op 846 wilde kleine zoogdieren – waaronder vleermuizen, knaagdieren en spitsmuizen – verzameld in Sierra Leone, West-Afrika. De studie identificeerde in totaal 39 aan zoogdieren gerelateerde RNA-virussen, bestaande uit 26 nieuwe en 13 reeds bekende virussen. Binnen deze virussen vertoonde de familie Paramyxoviridae de grootste diversiteit, terwijl knaagdieren het grootste aantal virussoorten herbergden (n = 26).
Uit de zoönotische risicobeoordeling kwamen drie bekende zoönotische virussen naar voren – het encefalomyocarditisvirus, het Lassa-virus en het Rocahepevirus sp. – evenals drie virussen met een potentieel risico op overdracht van menselijke oorsprong naar andere virussen: het Melian-virus, het knaagdierhepatitisvirus en het Hunnivirus A. Opvallend is dat van de nieuw geïdentificeerde virussen het Bat ledantevirus 2 de nauwste fylogenetische verwantschap vertoonde met het bij mensen voorkomende Le Dantec-virus. Serologisch onderzoek toonde bovendien neutraliserende antilichamen tegen dit virus aan bij 2,8% van de lokale bevolking, wat wijst op een eerdere, waarschijnlijk onopgemerkte, blootstelling van mensen.
Deze bevindingen benadrukken de aanwezigheid van een aanzienlijk, door knaagdieren gedomineerd virusreservoir in West-Afrika en onderstrepen het cruciale belang van geïntegreerde surveillancestrategieën op het raakvlak tussen mens en dier. De combinatie van metagenomische screening met serologische validatie biedt een robuust kader voor het identificeren van virussen met zoönotisch en overdrachtspotentieel.
In de afgelopen tien jaar is meer dan 60% van de nieuwe infectieziekten bij mensen afkomstig van dierlijke reservoirs, waarbij vleermuizen, knaagdieren en spitsmuizen worden erkend als belangrijke gastheren van zoönotische virussen. Afrika wordt algemeen beschouwd als een brandhaard voor zoönotische ziekten. Zo werden er in Sierra Leone bijvoorbeeld meer dan 28.000 gevallen gemeld tijdens de Ebola-uitbraak van 2014-2016.
Ondanks de aanzienlijke ziektelast van zoönotische aandoeningen in deze regio, is de diversiteit en verspreiding van virussen bij wilde kleine zoogdieren nog onvoldoende in kaart gebracht. Om deze lacune op te vullen, voerden onderzoekers een systematische viroomanalyse uit van 846 wilde kleine zoogdieren die tussen 2018 en 2023 op drie locaties in Sierra Leone werden gevangen. De studie had als doel de virale diversiteit in kaart te brengen, kandidaten met potentieel voor overdracht tussen soorten te identificeren, het zoönotische risico te beoordelen en bewijs te verzamelen ter ondersteuning van waarschuwingssystemen voor opkomende infectieziekten.
Kernmethoden
De studie maakte gebruik van een uitgebreide workflow voor virale metagenomica:
- Monsterverwerking:Hart-, lever-, milt-, long- en nierweefsel werden verzameld, samengevoegd, gehomogeniseerd en onderworpen aan totale RNA-extractie.
- Volgorde en assemblage:Voordat de bibliotheek werd geconstrueerd, werd ribosomaal RNA verwijderd, gevolgd door high-throughput sequencing met behulp van het Illumina NovaSeq 6000-platform. Virale contigs werden de novo geassembleerd.
- Virusidentificatie:Virussen werden geïdentificeerd op basis van de uitlijning van RNA-afhankelijke RNA-polymerase (RdRp)-genen. Alleen virussen die geassocieerd zijn met gewervelde dieren werden behouden, met uitzondering van bacteriële, schimmel- en plantenvirussen.
- Bioinformatische analyse:Fylogenetische reconstructie, recombinatieanalyse, modellering van transmissienetwerken tussen soorten en zoönotische risicobeoordeling werden uitgevoerd.
- Serologische validatie:Er is een VSV-gebaseerde pseudovirus-neutralisatietest ontwikkeld voor Bat ledantevirus 2. Neutraliserende antilichamen werden gedetecteerd in 2,8% van de menselijke sera, wat wijst op mogelijke zoönotische overdracht.
StudieResultaten
1. Virale ontdekking en diversiteit
In deze studie werd transcriptoomsequentieanalyse uitgevoerd op 846 wilde dieren verzameld in Sierra Leone, waaronder knaagdieren, vleermuizen en spitsmuizen. Op basis van complete RNA-afhankelijke RNA-polymerase (RdRp)-gensequenties werden in totaal 39 aan zoogdieren gerelateerde RNA-virussen geïdentificeerd, bestaande uit 13 reeds bekende virussen en 26 nieuwe virussen.
Wat de virale samenstelling betreft, vertoonde de familie Paramyxoviridae de grootste diversiteit in alle drie de gastheerordes, gevolgd door Astroviridae en Picornaviridae. Met betrekking tot de verspreiding van de gastheren droegen knaagdieren het meest bij aan de virale diversiteit, met in totaal 26 virussoorten, wat hun prominente rol als reservoirs van virale diversiteit in de regio aangeeft.
2. Zoönotisch risico
Bij de beoordeling van het zoönotische risico werden drie bekende zoönotische virussen geïdentificeerd: het encefalomyocarditisvirus, het Lassa-virus en Rocahepevirus-soorten. Daarnaast werden drie virussen – het Melian-virus, het knaagdierhepatitisvirus en Hunnivirus A – geïdentificeerd als virussen met een potentieel risico op overdracht van buitenaf naar andere virussen.
Van de 26 nieuw ontdekte virussen werden er vier op basis van fylogenetische en genomische kenmerken geacht een hoog zoönotisch potentieel te bezitten. Opvallend is dat Bat ledantevirus 2 de nauwste fylogenetische verwantschap vertoonde met het bekende, bij mensen voorkomende Le Dantec-virus.
Vervolgonderzoek op serologisch gebied bevestigde deze bevinding, aangezien neutraliserende antilichamen tegen Bat ledantevirus 2 werden aangetroffen in 2,8% van de sera van lokale bewoners. Dit resultaat suggereert dat er mogelijk al onopgemerkte of asymptomatische infecties hebben plaatsgevonden binnen de menselijke populatie, wat wijst op een potentieel, maar voorheen onontdekt, zoönotisch transmissiepad.
3. Dynamiek van overdracht tussen soorten
Uit analyses van virusoverdracht tussen soorten bleek dat knaagdieren een centrale positie innemen binnen het netwerk van virusverspreiding. Ze fungeren als belangrijke knooppunten die de uitwisseling van virussen tussen gastheersoorten vergemakkelijken. In totaal werden 15 virussen geïdentificeerd die potentieel overdraagbaar zijn tussen soorten.
Verdere analyse van transmissiepatronen tussen verschillende ordes wees uit dat virusoverdracht vaker voorkwam tussen gastheren binnen dezelfde taxonomische orde, wat suggereert dat verwantschap tussen gastheren een belangrijke rol speelt in de transmissiedynamiek. Vleermuizen vertoonden daarentegen een relatief lagere capaciteit voor transmissie tussen verschillende ordes.
Belangrijk is dat er bewijs is gevonden voor een uitbreiding van het gastheerbereik bij bepaalde virussen. Zo werd het Melian-virus, dat voorheen als specifiek voor spitsmuizen werd beschouwd, in deze studie ook bij knaagdieren aangetroffen. Dit duidt op een mogelijke verschuiving in het aanpassingsvermogen van de gastheer en een verhoogd risico op bredere verspreiding.
Conclusies en implicaties voor de volksgezondheid
- Grote diversiteit aan viromen bij kleine wilde zoogdieren:De ontdekking van 39 RNA-virussen, waaronder 26 nieuwe soorten, onthult een groot virusreservoir in de regio en meldt voor het eerst nieuwe virussen met een hoog zoönotisch potentieel (bijvoorbeeld Bat ledantevirus 2).
- Knaagdieren als prioritaire doelwitten voor surveillance:Knaagdieren fungeren als belangrijke knooppunten voor virusoverdracht en dragen de grootste virusdiversiteit met zich mee, waardoor ze het grootste risico op overdracht van virussen naar andere dieren met zich meebrengen.
- De noodzaak van geïntegreerde surveillancestrategieën:De bevindingen ondersteunen het prioriteren van knaagdieren in actieve surveillanceprogramma's en het implementeren van geïntegreerde benaderingen die metagenomica, serologie en ecologische monitoring combineren op de raakvlakken tussen mens en dier.
Al met al levert deze studie cruciaal bewijs ter ondersteuning van systemen voor vroegtijdige waarschuwing en risicobeoordelingskaders voor opkomende zoönotische ziekten, en onderstreept het het belang van proactieve surveillance in risicogebieden.
Productinformatie
Geplaatst op: 23 maart 2026